流域通常被多种行政区分割管辖，使得多种行政区之间常常因为利益冲突而引起流域水污染纠纷，严重影响了整个流域的污染防治和经济社会发展，并引起社会 关注。
由于上下游资源、利益分配诉求上的差异和行政管辖权属的多种，流域治污亟待加强联防联控，落实统一规划、统一标准、统一监测、统一防治等措施，以流域协同防治，共保流域水环境检测仪器 。
近年来，新安江、太浦河等一些流域已开展了跨界流域生态补偿、信息共享、预警机制等实践。目前，我国正加紧建立并完善京津冀、长三角、珠三角等重点区域水污染防治协作机制，进一步加强重点区域和流域水环境综合治理工作。
在今年全国两会上，代表委员们也为流域协同治污献计献策。
1、 出台保护规划 提升机构协调能力
嘉陵江是长江生态水系的重要支流，上游部分河段水体污染问题突出，四川省广元市作为千里嘉陵第一城，上游电站泄洪、泄沙对广元群众饮水 影响巨大。2015年11月底，嘉陵江上游发生尾矿泄漏，给包括广元在内的整个流域水体 造成严重影响。
全国人大代表、广元市委书记王菲建议，从 层面出台嘉陵江上游污染防治和生态保护规划，统筹川、陕、甘、渝等4省市，开展跨区域联防联治，共同实施全流域保护。嘉陵江流域已是 第二批生态文明先行示范区，为确保嘉陵江流域水体 ，政策、项目、资金的支持力度都需加大。
研究表明，个体独立行动获得的收益总会低于以某种方式协调各方利益所获的收益，其中 糟的结果就是独立的行为结果可能摧毁流域生态系统本身。
流域水污染治理，从按行政区划分别治理到政府间的协同治理，是我国流域水污染治理机制的一大创新。
要想实现协同治理，首先就要建立权威的流域管理机构，行政级别应高于省级地方政府，有权在流域水污染治理中进行部门协调、区域协调。
在建立京津冀区域广州瑞彬科技水污染防治协作机制上，全国政协委员、台盟天津市主委、全国台联副会长叶惠丽说：“要强化机构保障。建议由水利部和环境保护部牵头，成立京津冀区域水资源保护办公室，制定水污染防治联动规范性文件，明确联动的原则、体制、制度、责任追究等，统筹协调区域水污染治理。”
2、 构建多元补偿机制 破上下游发展困局
河北省作为首都生态屏障、京津水源地，为保护京津地区生态环境，尤其为保障京津供水，做出了巨大贡献和牺牲。许多县区被列入 和省级重点生态功能区，产业发展 受到限制，面临扶贫与生态保护双重挑战。尤其缺乏横向生态补偿的法律依据和政策规范，“谁开发、谁保护，谁受益、谁补偿”的利益调节格局还没有真正形成。
生态补偿标准偏低、多元化补偿方式尚未形成、造血型补偿机制缺失等问题，不仅是河北省，也是目前我国跨流域生态补偿存在的普遍问题。
河北代表团在今年全国两会上建议， 切实推进京津冀区域水资源生态保护补偿工作，加快建立河北与天津引滦入津上下游横向生态补偿机制，以及河北与北京跨界水环境生态补偿机制。
叶惠丽建议，以保护流域水环境、改善水质、保障生态需水量为核心，实施上下游生态补偿。一要坚持地方为主、中央监管。建立“环境责任协议制度”，明确流域上下游省份的主体责任和义务。中央有关部门作为第三方，指导协议的编制和签订并对履行情况给予监督；二要做到监测为据，以补促治。以环境保护部公布的省界断面监测水质为依据，厘清流域上下游的补偿责任；三要科学确定补偿标准，并确保补偿资金专项用于流域水环境综合治理以及产业结构调整，使其有足够的能力和积极性，实现水环境质量的根本性转变。
其实，跨界生态补偿已经在新安江、九州江、东江等流域进行了不少实践，也取得了一定成效。
一条九洲江，情系两广人。九洲江是跨粤桂两省（区）独流入海的河流。“上游要发展，下游要喝水”成了九洲江沿岸居民的发展困局。
在 的统一协调和两广党委政府的共同努力下，九洲江生态补偿机制应运而生，成为破解上下游发展困局的关键。
2016年，跨省界监测考核断面（石角）水质年均值达地表水Ⅲ类标准，有11个月达标，不达标的1个月除总磷略超标外，其余指标均达地表水Ⅲ类。顺利完成了广东、广西两省（区）签订的《九洲江流域上下游横向生态补偿协议》规定的2016年10个月达标的任务。
3 、着眼流域整体布局 建立事后惩戒机制
面对跨界水污染，没有一个地区可以置身事外，某一个地方政府也无法有效治理跨界水污染，这就需要注重整体布局，打破围绕自己的“一亩三分地”治污的惯性思维。
“针对流域水污染状况，编制科学统一的治理规划。以‘改善质量—削减总量—防范风险’为主线，就饮用水水源保护、减轻工业污染以及流域风险防控为重点落实责任，做到从上游到下游，从支流到干流，你中有我，我中有你。”叶惠丽表示，同时要实现信息共享，建立跨界水污染信息交流平台，开展河流、湖泊基本生态需求数据分析，落实断面水量、水质监测、信息通报机制，强化联防联控数据互联互通。
太浦河地处太湖流域下游，汇水区涉及江苏、浙江、上海两省一市。流域内人口密度高，纺织、印染、化工等工业企业密集。受生活、工业、畜禽和航运等多重影响，太浦河主要有3方面水环境问题：上游干流沿线水质显著恶化，持久性、 有机污染物风险逐步显现，污染事故时有发生。
全国人大代表、上海市环保局局长张全建议，做好流域水环境功能对接和污染物排放标准对接。同时，严格太浦河两岸区域环境管控，推动危化品全程禁运。在太浦河上海段已实施危化品禁运的基础上，建议在太浦河全线实施危化品禁运，减轻环境污染和风险隐患。
此外，还有专家建议，应建立和落实跨界水污染治理的事后惩戒机制。通过在官员政绩考核中纳入环保考核指标，在官员晋升和年终考核方面实行环境问题“一票否决”机制，引导和激励官员重视环境问题，在地方经济建设中实践绿色GDP的发展模式。在重大水环境污染问题上，落实领导干部环境问责制。对于那些因工作失职而引发重大水污染事故的党政领导，应该追究其责任。
来源：中国环境部
